L’irradiation aux rayons gamma des plants et produits détruit la majorité des bactéries, mais elle peut ne pas avoir d’effet sur les virus ou les mycotoxines.

Les méthodes d’analyse microbiologiques traditionnelles peuvent être empruntées des industries alimentaires et du tabac, où les techniques sont établies et appliquées couramment.

• TAMC et TYMC : les comptes totaux de bactéries aérobies (TAMC — « total aerobic microbial count ») et comptes totaux de levures/moisissures (TYMC — « total yeast/mold count ») estiment le nombre de bactéries, levures/moisissures, ou spores viables dans un échantillon
• Milieux microbiologiques, incluant les milieux de croissance sélective : les bouillons et agars sont formulés afin d’identifier les espèces spécifiques de micro-organismes

Ces méthodes ne sont pas particulièrement sensibles ou spécifiques, mais elles sont familières. Certaines analyses par compte total offrent des résultats préliminaires, mais n’aident pas à déterminer si le produit est sécuritaire.

Certaines méthodes de détection à base de biologie moléculaire commencent à être offertes et gagnent en reconnaissance. Les protocoles quantitatifs de PCR en temps réel (qPCR) peuvent identifier et quantifier les micro-organismes du cannabis sans avoir recours à la culture.

L’analyse microbienne peut aussi aider à déterminer le microbiome du plant et comprendre ses effets sur la croissance, la résistance aux agents pathogènes, ou l’activité métabolique. Ces connaissances pourraient se solder par de plus grands rendements de récolte.

Les procédures d’analyse microbienne du cannabis peut aussi détecter :

• Salmonella ssp.
• Coliformes totaux
• Escherichia coliE. coli producteur de toxine de Shiga
• Staphylococcus aureus
• Espèces variées de levures et moisissures
• Aspergillus ssp. (A. flavus, A. fumigatus, A. niger, A. terreus)