Thermo Scientific™ Réticulateurs réticulables par spectrométrie de masse

DSSO (disuccinimidyl sulfoxyde) et DSBU (disuccinimidyl dibutyrique urée ou BuUrBU) sont tous deux des crosscrosseurs divisables par spectrométrie de masse (EM) et semi-perméables par membrane qui contiennent un ester N-hydroxysuccinimide réactif à l’amine (NHS) à chaque extrémité d’un bras espaceur à 7 carbones (DSSO) ou d’un bras espaceur à 11 atomes (DSBU). Les deux réticulateurs présentent une réactivité similaire à la DSS mais contiennent une fonctionnalité clivantable dans la région du liaison qui permet le clivage en phase gazeuse grâce à la dissociation induite par collision (CID) lors de la fragmentation en tandem MS (MS/MS). Le clivage MS de DSSO ou DSBU génère des doublets ioniques diagnostiques pendant MS2, ce qui distingue l’identification des peptides réticulés des modifications en impasse. Les fragments de peptides réticulés sont ensuite identifiés à l’aide des logiciels MeroX ou XlinkX. Pour DSBU, les peptides réticulés sont fragmentés et séquencés pendant MS2, tandis que pour DSSO, les peptides réticulés sont fragmentés pendant MS/MS et nécessitent une fragmentation supplémentaire (MS3) pour faciliter le séquençage peptidique à l’aide des moteurs de recherche traditionnels.

Caractéristiques des réticulants clivatables en SEP DSSO et DSBU
Ester NHS hautement réactif (aux deux extrémités) avec des amines •
primaires - Clivatable en SEP par dissociation induite par collision (CID) Réactifs •
cristallins de haute pureté pour la caractérisation
• de la structure et des interactions des protéines Semi-perméable intracellulaire Réticulation •
intracellulaire Insoluble dans l’eau (dissolution en premier dans le DMF ou le DMSO)

Avantages des réticulants
clivagants en SEP • Bien que les réticulants non clivants et réticulables par la SEP puissent être utilisés pour étudier les interactions protéine-protéine, les réticulants réticulables en SEP pourraient être plus avantageux pour améliorer l’identification et l’analyse des peptides réticulés. Typiquement, lors de l’utilisation de réticulateurs non clivables, les données générées comprennent à la fois les peptides réticulés et non réticulés, ce qui rend difficile la distinction par analyse par spectrométrie de masse. Les réticulateurs non clivagants augmentent aussi la complexité de l’analyse. Une certaine complexité peut être réduite par une préparation supplémentaire de l’échantillon ou par un marquage isotopique. Les peptides réticulables en SEP permettent de distinguer les peptides réticulés des peptides non réticulés pour l’analyse. Le réticulateur est clivé par dissociation induite par collision (CID/HCD) ou dissociation induite par transfert d’électrons (ETD) pour générer des ions caractéristiques qui peuvent ensuite être utilisés lors de la fragmentation MS2 ou MS2/MS3 pour identifier et séquencer avec confiance les peptides réticulés. La capacité à identifier sans ambiguïté les peptides réticulés entraîne moins de faux positifs comparativement aux réticulants non clivants. Le DSSO et le DSBU utilisent respectivement un sulfoxyde ou une urée pour la clivagance avec la fragmentation en phase gazeuse.

Applications pour les réticulants réticulables en SEP DSSO et DSBU
• Analyse de mélanges
• protéiques complexes Profilage des réseaux protéine-protéine natifs in vivo
• Investigation d’organites, cellules ou tissus
• intacts Réalisation d’études
• à l’échelle du protéome Caractérisation des interactions •
intermoléculaires protéiques Caractérisation des protéines et complexes

purifiés Note : Pour une analyse à haute résolution des peptides réticulés, la colonne LC recommandée pour la source Nanospray Flex est la colonne LC Acclaim PepMap 100 C18 (Cat. No 164940 ou 164568). Pour la source EASY-Spray, la colonne LC recommandée est la colonne LC EASY-Spray C18 (Cat. Non. ES900 ou ES904).