Thermo Scientific™ AarI (2 U/μL)

5'... C A C C T G C C (N₎₄▵... 3'

3'... G T G G A C G (N₎₈▵... 5'

Conditions pour une activité à 100% :

• [1X tampon AarI] + oligonucléotide :
• [10 mM Bis-Tris Propane-HCl (pH 6,5 à 37 °C), 10 mM_{MgCl 2}, 100 mM KCl, 0,1 mg/mL BSA] + 0,5 μM de l’oligonucléotide (voir Note)
• Incubez à 37 °C

Tampon de stockage :

• L’AarI est fourni en :
• 10 mM de phosphate de potassium (pH 7,4 à 25 °C), 100 mM de KCl, 1 mM d’EDTA, 1 mM de DTT, 0,2 mg/mL de BSA et 50% (v/v) de glycérol

Ligature et reclivage :

• Après une surdigestion multipliée par 10 avec l’AarI, plus de 95% des fragments d’ADN peuvent être ligés et recoupés

Effets de la méthylation :

• Dam : ne se chevauche — jamais, aucun effet
• Dcm : jamais de — chevauchement sans effet
• CpG : peut chevaucher — un clivage altéré
• EcoKI : jamais de chevauchement — sans effet
• EcoBI : effet de chevauchement — possible non déterminé

Digestion de l’ADN incorporé dans l’agarose :

• Un minimum de 5 unités de l’enzyme est nécessaire pour la digestion de 1 μg d’ADN lambda incrusté dans l’agarose en 16 heures

Remarque :

Pour le clivage avec Aari, au moins deux copies de sa séquence de reconnaissance sont requises. L’inclusion d’oligonucléotide 0,5 μM avec la séquence de reconnaissance AarI dans le mélange de réaction améliore significativement le clivage de l’ADN, en particulier de ceux ayant un seul site AarI. Cela dit, un clivage complet de certains substrats avec AarI est difficile à obtenir. Une surdigestion supérieure à 10 fois avec l’AarI peut entraîner une activité stellaire. L’AarI pourrait rester associé à l’ADN clivé. Cela peut provoquer un décalage de la bande d’ADN lors de l’électrophorèse. Pour éviter des motifs atypiques de bandes d’ADN, utilisez la solution SDS 6X DNA Loading Dye & pour la préparation de l’échantillon ou chauffez l’ADN digéré en présence de SDS avant l’électrophorèse.