Invitrogen™ Mélanges d’ARN Spike-In ExFold de l’ERCC

Ajoutez un Spike-In Mix à chaque échantillon d’ARN, puis effectuez les échantillons contenant Spike-In Mix sur votre plateforme. Ensuite, comparez les données du Spike-In Mix avec les concentrations et rapports connus du Spike-In Mix pour évaluer la plage dynamique, la limite inférieure de détection et la réponse au changement de pliage de votre plateforme. Un certain nombre de technologies d’expression génique peuvent bénéficier de l’utilisation des ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes, incluant le séquençage de nouvelle génération (NGS), les microréseaux et les tests basés sur PCR. Les microarrays doivent contenir des sondes conçues pour interroger les transcrits ERCC afin de bénéficier de l’utilisation des ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes. Consultez le fabricant du réseau pour plus de détails. Caractéristiques clés du produit :

• Atteindre une mesure standard pour la comparaison des données entre expériences d’expression génique
• Mesure la sensibilité (limite inférieure de détection) et la plage dynamique d’une expérience
• Expression différentielle des gènes quantitate

Pourquoi des contrôles d’ARN externes sont-ils nécessaires
La variation des données d’expression de l’ARN peut être attribuée à divers facteurs, notamment la qualité du matériau de départ, le niveau de cellularité et de rendement ARN, la plateforme employée et la personne qui réalise l’expérience. Pour contrôler ces sources de variabilité, un ensemble commun de contrôles externes d’ARN a été développé par le External RNA Controls Consortium (ERCC), un groupe ad hoc d’organisations académiques, privées et publiques hébergé par le National Institute of Standards and Technology (NIST). Les témoins consistent en un ensemble de transcrits polyadénylés non marqués conçus pour être ajoutés à une expérience d’analyse ARN après l’isolement de l’échantillon, afin de mesurer selon des critères de performance définis. Jusqu’à la conception de tels contrôles universellement acceptés, il a été difficile d’effectuer une enquête approfondie sur les indicateurs analytiques fondamentaux de performance. De la marque fiable de réactifs à ARN de qualité, les mélanges ERCC ExFold Spike-In sont des mélanges préformulés de 92 transcrits, dérivés et traçables à partir de plasmides d’ADN certifiés par le NIST. Les transcrits sont conçus pour mesurer de 250 à 2 000 nt de longueur, ce qui imite les ARNm eucaryotes naturels.

Libérer le potentiel de l’analyse
de l’ARNL’analyse de l’ARN, incluant le profilage de l’expression génique et l’étude du transcriptome complet, peut mener à une meilleure compréhension des schémas d’expression dans les états pathologiques et offre une meilleure compréhension des voies biologiques et des mécanismes moléculaires qui régulent le destin cellulaire, le développement et la progression de la maladie. Les méthodes traditionnelles d’analyse de l’ARN, telles que la qRT-PCR et les microarrays, sont bien établies mais sont remplacées par le séquençage de nouvelle génération, une alternative numérique à haut débit. Comme chaque méthode transporte plusieurs plateformes, et avec la nécessité de comparer divers échantillons entre plateformes à travers le monde, une mesure standard pour la comparaison des données est nécessaire. À mesure que les capacités d’analyse ARN s’étendent, la nécessité de créer une vue standardisée des données deviendra encore plus importante.

Obtenir et comparer les résultats avec une précision
confirméeLes mélanges d’ARN Spike-In ExFold de l’ERCC sont utilisés pour créer une mesure de référence standard de l’ARN, tant au sein d’une expérience qu’à travers plusieurs expériences réalisées à l’aide de divers échantillons et plateformes. Avec deux formulations de mélange spike-in (voir figure), diverses mesures, telles que la sensibilité ou la plage dynamique, peuvent être examinées pour évaluer différents paramètres dans une expérience ou entre expériences (voir figure). De plus, les rapports de changement de pliage d’expression entre deux échantillons peuvent être calculés avec un haut degré de confiance grâce à la relation hautement concordante entre ExFold ARN Spike-In 1 et ExFold ARN Spike-In 2 (voir figure). Les mesures sont déterminées à partir de concentrations molaires connues pour chaque transcrit dans un mélange spike-in et par association des deux mélanges à l’aide d’une combinaison de rapports répartis entre 4 sous-groupes différents des 92 transcrits. Les contrôles sont idéaux pour les expériences de séquençage de nouvelle génération, comme sur SOLiD™ System, ainsi que pour les plateformes de microarray prises en charge comme le Illumina™ Sentrix™ BeadChip.

Choisissez
parmi des options flexibles pour les configurations de kits ERCCQu’il s’agisse de mesurer la plage dynamique ou la variation des plis d’expression génique, les mélanges ERCC Spike-In Control sont disponibles en deux configurations de kits pour répondre à vos besoins expérimentaux. Utilisez le ERCC Spike-In Mix pour déterminer la plage dynamique et la limite inférieure de détection sur votre plateforme, et utilisez les ERCC ExFold Spike-In Mixes pour évaluer la précision des mesures d’expression génique différentielle.

* Bien que les ERCC RNA Spike-In Mix 1 et ExFold Spike-In Mix 1 contiennent la même formulation que les transcrits ERCC, ne substituez pas l’ERCC RNA Spike-In Mix 1 à l’ExFold Spike-In Mix 1 pour l’évaluation du changement de plis. Utilisez seulement ExFold Spike-In Mix 1 et Mix 2 avec le même numéro de lot de fabrication.