Thermo Scientific™ Protéases de qualité spectrométrie de masse

• Sélectivité exceptionnelle—la trypsine présente une spécificité C-terminale >95 % pour les résidus lysine et arginine; Lys-C présente une spécificité de clivage C-terminal de la lysine >90 %
• Haute pureté—aucune activité chymotrypsique détectable pour la trypsine
• Digestion complète—la combinaison trypsine/Lys-C réduit les clivages trypsiques manqués
• Stabilité accrue—trypsine chimiquement modifiée pour réduire l’activité autolytique
• Pratique—enzymes offertes en formats lyophilisés ou liquides stables

Protéase trypsine est une protéase à sérine de qualité MS dérivée d’extraits pancréatiques porcins, clivant spécifiquement du côté carboxyle des résidus lysine et arginine. L’enzyme est traitée au TPCK pour éliminer l’activité chymotrypsique et modifiée par méthylation, produisant une forme plus active et plus stable. Elle tolère des conditions partiellement dénaturantes courantes comme 0.1 % SDS, 1 M d’urée et 10 % d’acétonitrile. Activité maximale à pH 7 à 9, avec inactivation réversible à pH < 4. La trypsine est offerte lyophilisée en paquets de 5 de 20 μg ou 100 μg, ainsi qu’en solution à 100 μg.

Protéase Lys-C est une protéase à sérine de qualité MS isolée de Lysobacter enzymogenes. Elle présente une activité élevée et une forte spécificité pour les résidus lysine, produisant des peptides plus grands et une complexité d’échantillon moindre que la trypsine. Contrairement à la trypsine, elle peut cliver les lysines suivies de prolines, ce qui la rend idéale pour une digestion séquentielle suivie d’une digestion à la trypsine afin de réduire les clivages manqués. Ces propriétés assurent une efficacité de digestion élevée seule ou suivie d’une digestion trypsique. De plus, les peptides typiques Lys-C présentent généralement des états de charge plus élevés, ce qui en fait une enzyme de choix pour la fragmentation ETD.

La Lys-C est couramment utilisée dans les flux de travail d’enrichissement en phosphopeptides, car elle génère des peptides possédant des amines primaires aux extrémités N et C, permettant aux fragments d’être doublement marqués avec des étiquettes isobariques réactives aux amines. Cela améliore l’ionisation des peptides et les limites de quantification, puisque davantage d’ions fragments peuvent être réisolés lors de l’acquisition MS3. Cette enzyme peut être utilisée en digestion en solution ou en gel afin de produire des peptides pour l’identification des protéines par LC-MS/MS.

Une digestion efficace peut être réalisée en deux heures à 37°C. La Lys-C demeure active dans des conditions fortement dénaturantes comme 8 M d’urée, 2 M de guanidine-HCl, 1 % SDS, 2 % CHAPS et 40 % d’acétonitrile, et fonctionne bien à pH 7–9 (activité maximale à pH 8). Cette enzyme lyophilisée a une masse de 30 kDa et est stable un an à –20°C. Cette enzyme est offerte lyophilisée en quantités de 20 μg ou 100 μg.

Mélange de protéases trypsine/Lys-C est un mélange lyophilisé de trypsine et de protéase Lys-C optimisé pour améliorer l’efficacité de digestion des protéines. Bien que la trypsine soit couramment utilisée pour la digestion des protéines, cette protéase seule n’est pas suffisante pour digérer complètement les protéines à l’extrémité carboxyle des résidus lysine et arginine. Par conséquent, la protéase Lys-C est combinée à la trypsine pour digérer les protéines de façon séquentielle avec moins de clivages manqués. Le mélange trypsine/Lys-C est offert en formats de 20 μg, 5 x 20 μg ou 100 μg. La digestion peut être réalisée en aussi peu que 1.5–3 heures ou jusqu’au lendemain, selon le ratio enzyme/protéine.

Protéases chymotrypsine, GluC, Asp-N

• Couverture de séquence accrue—des peptides chevauchants aux propriétés chromatographiques, d’ionisation et de fragmentation complémentaires améliorent la caractérisation des protéines
• Activité spécifique élevée—chaque protéase présente une excellente spécificité enzymatique
• Stabilité élevée—offertes en format lyophilisé

Protéase Asp-N est une métalloprotéinase au zinc de qualité MS dérivée d’une souche mutante de Pseudomonas fragi et nécessite une trace de zinc. Elle clive principalement du côté amino de l’aspartate et de l’acide cystéique résultant de l’oxydation de la cystéine. Un clivage peut aussi se produire au niveau de l’acide glutamique; toutefois, la vitesse de clivage du résidu glutamyle est inférieure à celle du résidu d’acide aspartique. Elle peut digérer efficacement les protéines en 2–20 heures à 37°C avec une activité supérieure à 20,000 unités/mg de protéine et demeure active dans des conditions dénaturantes comme 1 M d’urée, 2 M de guanidine·HCl, 0.1 % SDS, 2 % CHAPS et 10 % d’acétonitrile, avec une activité optimale à pH 6–8. Cette enzyme lyophilisée a une masse de 27 kDa et est stable un an à -20°C.

Protéase Glu-C, aussi appelée protéase V-8, est une protéase à sérine de qualité MS isolée de Staphylococcus aureus. Elle clive spécifiquement du côté carboxyle des résidus d’acide glutamique dans des tampons bicarbonate d’ammonium et acétate d’ammonium, générant un nombre limité de fragments peptidiques. Le clivage peut aussi se produire au niveau des résidus d’acide glutamique et aspartique dans des tampons phosphate. La Glu-C peut digérer efficacement les protéines en 5–18 heures à 37°C avec une activité supérieure à 500 unités/mg de protéine et demeure active dans des conditions dénaturantes comme 2 M d’urée, 1 M de guanidine·HCl, 0.1 % SDS, 2 % CHAPS et 20 % d’acétonitrile. L’activité de la Glu-C est optimale à pH 8. Cette enzyme lyophilisée a une masse de 27 kDa et est stable un an à -20°C.

Protéase chymotrypsine est une endoprotéinase de qualité MS isolée du pancréas bovin qui clive spécifiquement du côté carboxyle de la tyrosine, de la phénylalanine, du tryptophane et de la leucine. Deux formes prédominantes, A et B, se trouvent en quantités égales dans le pancréas bovin. Ces protéines sont semblables, mais possèdent des caractéristiques protéolytiques différentes. Les deux formes sont présentes dans la protéase chymotrypsine Thermo Scientific. Comme la trypsine peut co-purifier avec la protéase chymotrypsine d’origine naturelle, la protéase chymotrypsine a été traitée au TLCK afin d’éliminer toute activité trypsique potentielle et d’améliorer la spécificité de digestion. Elle peut tolérer des conditions légèrement dénaturantes comme 0.1 % SDS, 2 M d’urée, 2 M de guanidine·HCl, 1 % CHAPS et 30 % d’acétonitrile, avec une activité optimale à pH 7.5–8.5. Cette enzyme lyophilisée a une masse de 25 kDa et est stable un an à -20°C.