Comparaison des technologies de PCR en temps réel et de PCR numérique
Que vous soyez un vétéran du secteur ou que vous veniez de recevoir une subvention pour une nouvelle étude, vous évaluez toujours vos options pour vous assurer que vous utilisez les solutions qui peuvent vous aider à répondre plus rapidement et plus facilement à vos questions importantes.
Chaque laboratoire a des besoins spécifiques qui déterminent la technologie d’analyse génétique à utiliser. La PCR en temps réel ou quantitative (qPCR) et la PCR numérique (dPCR) peuvent être utilisées pour quantifier les acides nucléiques dans un échantillon. Cette opération est réalisée en amplifiant une séquence d’acide nucléique cible à l’aide d’une enzyme, l’ADN polymérase. Afin de décider quelle solution convient le mieux à votre projet, il est important de comprendre les types de réponses que chaque application peut apporter.
qPCR - PCR en temps réel
Depuis son développement au milieu des années 1990, la qPCR est une technique d’analyse génétique puissante et sensible utilisée pour un large éventail d’applications. La qPCR mesure l’amplification de la PCR par rapport à une référence au fur et à mesure qu’elle se produit, contrairement à la PCR traditionnelle, qui fournit des résultats une fois la réaction terminée, ce qui rend impossible la détermination de la concentration initiale de l’acide nucléique. La qPCR est bien adaptée à la quantification de l’expression des gènes, à la détection des pathogènes, au génotypage des SNP, à la variation du nombre de copies (CNV), à l’analyse des miRNA, et la quantification virale.
Les plateformes de PCR en temps réel d’Applied Biosystems vous offrent une véritable valeur ajoutée grâce à leurs excellentes performances, à leur fiabilité et à un soutien de premier ordre. La famille d’instruments QuantStudio d’Applied Biosystems vous permet d’obtenir les résultats dont vous avez besoin, de vous connecter et de collaborer avec vos collègues, et d’atteindre vos objectifs de la recherche.
dPCR - PCR numérique
qPCR : Systèmes PCR en temps réel Applied Biosystems QuantStudio 7 Pro
La dPCR est une nouvelle approche de la détection et de la quantification des acides nucléiques qui permet d’estimer le nombre absolu de molécules à l’aide de méthodes statistiques. Ce résultat est obtenu par l’amplification d’une molécule unique d’une cible sur un grand nombre de répétitions de la PCR. La dPCR est bien adaptée à la détection d’allèles rares, à la mesure des CNV, à la mesure du titre viral, à la quantification des bibliothèques de séquençage de nouvelle génération et à la détection de cibles rares à partir d’échantillons environnementaux tels que les eaux usées.
Le système de PCR numérique QuantStudio Absolute Q d’Applied Biosystems est une plateforme dPCR basée sur des plaques qui permet de réaliser toutes les étapes nécessaires à la dPCR sur un seul instrument : compartimentage, cycle thermique et acquisition de données. Nos flux de travail dPCR permettent d’améliorer la facilité d’utilisation, de minimiser les étapes pratiques et de maximiser la cohérence, en utilisant le même flux de travail qPCR que les systèmes PCR en temps réel QuantStudio.
qPCR : Systèmes PCR en temps réel Applied Biosystems QuantStudio 7 Pro
Malgré leurs différences, la qPCR et la dPCR sont des technologies complémentaires : toutes deux peuvent répondre à la question, mais la meilleure méthode dépend de détails tels que la taille de l’échantillon, les exigences en matière de données et le fait que le chercheur ait besoin d’une quantification relative ou d’une quantification absolue. Voici quelques éléments à prendre en compte avant de choisir la technologie qui vous convient le mieux :
PCR numérique vs. PCR en temps réel
| PCR numérique | PCR en temps réel | |
|---|---|---|
| Présentation | Mesure la fraction de microréactions négatives pour déterminer le nombre absolu de copies. Si vous recherchez des résultats quantitatifs, la fraction de microréactions négatives est adaptée à un algorithme statistique de Poisson. | Mesure l’amplification de la PCR au fur et à mesure qu’elle se produit dans un mélange réactionnel en vrac. Si vous recherchez des résultats quantitatifs, la quantité du produit de la PCR est directement proportionnelle à la quantité d’acide nucléique matrice (courbe standard). |
| Applications | • Quantification de la charge virale et des normes • Quantification des bibliothèques NGS • Détection des allèles rares • Détection de pathogènes dans les eaux usées • Biopsie liquide • Quantification des vecteurs viraux adéno-associés • Détection multiplex de plusieurs cibles sur une seule molécule | • Quantification de l’expression des gènes • Vérification des microréseaux • Contrôle de la qualité et validation des essais • Détection des agents pathogènes • Génotypage de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) • Variation du nombre de copies • Analyse des micro-ARN • Quantification des virus • Expériences siRNA/RNAi |
| Advantages | • Il n’est pas nécessaire de s’appuyer sur des références ou des normes • La précision souhaitée peut être obtenue en augmentant le nombre total de répétitions de la PCR • Plus tolérant à certains inhibiteurs de la PCR • Capable d’analyser des mélanges complexes • Fournit une réponse linéaire au nombre de copies présentes, ce qui permet de détecter des changements de faible amplitude | • Augmentation de la plage dynamique de détection • Pas de traitement post-PCR • La détection est possible jusqu’à une variation de deux fois • Collecte des données dans la phase exponentielle de la PCR • L’augmentation du signal fluorescent du rapporteur est directement proportionnelle au nombre d’amplicons générés • La sonde clivée fournit un enregistrement permanent de l’amplification d’un amplicon |
La dPCR et la qPCR sont-elles des technologies complémentaires?
Pour en savoir plus sur les solutions de PCR en temps réel et de PCR numérique d’Applied Biosystems, consultez fishersci.ca/quantstudio.
